小智一行人正要前往橘子联盟举办的比赛岛屿的途中，他们在海上认识了开船旅行的训练家小美，并且受到小美的邀请，来到她的游艇上，继续旅行，朝下一个小岛前进。
突然，他们遭到了风暴，冲上了橘子群岛中心的亚西亚岛。
小美就在这里遇到了老朋友小优，而岛上正好有祭典。
听到小智是宝可梦训练家时，那些居民们欢呼雀跃，说是传说中，跟着世界的毁灭，海之神的出现，并与优秀的指挥者一起平息诸神的愤怒。
指挥者就是训练家。
很明显那些居民们将小智认为是这个优秀的指挥者。而这个祭典的圣女——芙芦拉亲了下小智。
小霞在一旁看到了这一幕，她都炸毛了！
.......
观影的众人一惊，这个是真的吗？
小智居然被亲了，最激动的不是小智，而是莎莉娜她们。
那女孩是怎么一回事？
花子既是疑惑，又是开心，片刻后，又哀愁了下来。
因为光幕里的小智还是呆呆的，不知所措，对这个女孩没什么表示，而且旁边的小霞都快炸毛了，也不说了句安慰一下。
【小刚：？】
此时的小刚睁大眼睛看着白光幕，光天化日之下竟然这么大胆亲小智，道德在哪里，良心在哪里，还有地址在哪里？
【小茂：可恶，小智这个家伙有女孩子亲他，我是真没想到呀！】
【莎莉娜：什么嘛，什么惯例！】
【芙芦拉：抱歉抱歉，那不是惯例！】
【莎莉娜：还不是惯例？难不成你对小智？】
【萨琪：看来有人比你还要快动手，你要抓紧呀！】
【莎莉娜：妈，你别说话了！】
莎莉娜俏脸红扑扑的，都不敢看向小智了，老妈也真是的，明知道自己脸皮薄，还要这样揶揄自己，她不要面子的吗？
就不能让她少在喜欢的人面前出丑吗？
【牡丹：别说了，小霞都快要炸毛了！】
【小霞：你才炸毛，别扯上我。】
【菖蒲：啧啧，看看白光幕的自己吧，从你脸上就可以看出了！】
【樱花：妹夫，你也不说说话安慰一下小霞！】
咋这么大反应呢，小智已经对妹夫这个称号免疫了，说了她们还要继续喊，他也没有办法，只好顺从呗！
【小智：我也不知道说什么。】
【大木博士：回头让小茂教你点东西。】
【花子：这个可以！！！】
.......
白世界的小智一行跟居民们一起举办这个宴会。
而小霞就化悲愤为力量，但芙芦拉换了一身服装，吹奏笛子，上前握住了小智的手臂，小霞的脸色很不好。
很多人都认为小霞是吃醋了。
至少是小霞的三个姐姐是这样认为的，还在小霞耳边嗡嗡嗡地说着。
小霞脸红耳赤，自己再怎么说好像也不管用，那干脆就不说了吧。
而此时的小刚则是感觉后悔万分，自己居然错过了，这个岛上有这么多漂亮的姐姐。
他看得出来，芙芦拉对小智不一般，感觉不简单。
白小智得知了要到三圣鸟的岛屿取回三个宝物，将它们带回神庙，芙芦拉则会在那里吹响笛子，那即刻解决。
雷厉风行的小智立马就要开船过去，很快就找到了火焰鸟的宝物，但被火箭队所干扰。
小霞她们则是乘坐小美的船抵达，恰好这个时候闪电鸟出现，它是想要趁火焰鸟不在，霸占这个小岛。
而这个时候，天上出现一艘飞船，将闪电鸟给捉走，顺便将小智他们也给抓走了！
而他们也见到了飞船的主人——吉尔露太，火焰鸟也被吉太给抓走。
原来这个吉尔露太是收藏家，他为了实现一则有关传说中的神奇宝贝的预言，想要捕获火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟以最终捕捉到“海之神”洛奇亚。
吉尔露太乘坐飞船已经成功捕捉了火焰鸟，现在也抓到了闪电鸟，所以他现在就想要抓住急冻鸟。
但三圣鸟为了平衡势力范围引起了世界范围内气候的崩溃，导致了全球范围内灾难天气的出现。
......
【御龙渡：又是这样的人，为了自己的一己私欲，居然打破了三圣鸟的平衡。】
【希巴：比坂木闹出的动静还要大。】
【坂木：嫌我干的事情影响小是吧，那我可以考虑一下干一票大的！】
【御龙渡：别让我抓到你！】
【大木博士：还好是被选中的指挥者是小智，不然还真难说。】
......
小智一行人就将火焰鸟跟闪电鸟放出来，飞船经过了火焰鸟跟闪电鸟的破坏，坠落了下来。
就因为这样意外地唤醒了洛奇亚。
火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟同时内斗起来，都想要将对方给打败。
小智一行人脱困的时候，捡到了闪电鸟的宝物，这个时候洛奇亚出手，将小智一行人带回了亚西亚岛，他们还看到了河马王看守的神庙。
洛奇亚想要劝架的，但被三圣鸟给压制住。
所以只有小智出手。
洛奇亚通过心灵感应，给与小智帮助，助力小智拿回那急冻鸟的宝物。
火箭队也站了出来帮助小智，就为了拯救世界，继续做坏人。
有了火箭队的帮助，小智很快拿到了宝物，另外逃跑的时候，他们为了不拖后腿，掉进海里。
.......
【希巴：火箭队真的，我哭死，危险时刻居然站了出来！】
【御龙渡：他们三个倒不太像是火箭队，关键时候还是会分轻重的。】
【大叶：见了挺多坏人的，但这么有特性的坏人还是头一次见！】
“他们三个......”
坂木看着白光幕里面的火箭队三人组，无奈一笑。
“这样的感觉好爽啊！”
看到那么多人都称赞他们，火箭队三人组头一次感到这么开心。