在打败了地下通道中的狼形怪物后，大雄他们和侦查小队继续沿着通道深入。
通道内弥漫着一种压抑的气氛，墙壁上时不时闪烁着诡异的光芒，仿佛在诉说着古老的秘密。
“这里感觉越来越阴森了，大家要小心。”静香有些害怕地说道。
“别怕，静香，有我们在呢。”大雄安慰道。
胖虎则在一旁紧握拳头，“哼，不管有什么危险，我们都能克服，一定要找到那个实验室。”
哆啦A梦一边用探测器扫描周围，一边说：“大家注意，探测器显示这里的能量波动很不稳定，可能还有其他未知的危险。”
他们走着走着，来到了一个岔路口，三条通道分别通向不同的方向，每条通道都散发着神秘的气息。
“我们该走哪条路呢？”侦查小队队长问道。
“我来看看。”哆啦A梦拿出一个方向探测仪，经过一番操作后，皱着眉头说：“奇怪，探测仪受到了干扰，无法准确判断哪条路是正确的。”
“那我们只能分头行动了。”真嗣说道。
“不行，这样太危险了，我们不能分散。”大雄反对道。
就在大家犹豫不决的时候，他们听到从中间的通道传来一阵微弱的嗡嗡声，声音中似乎夹杂着一些类似机械运转的声音。
“我们走中间这条试试吧，说不定有线索。”渚薰提议。
大家点头同意，朝着中间的通道前进。随着他们的深入，通道越来越宽阔，周围出现了一些巨大的齿轮和机械装置，这些装置看起来已经有些陈旧，但仍然在运转着。
“这些机械装置是做什么用的呢？”胖虎好奇地看着周围。
“不知道，但感觉它们和我们要找的实验室有某种联系。”哆啦A梦回答道。
突然，机械装置开始加速运转，发出巨大的轰鸣声，齿轮之间摩擦出耀眼的火花。
“不好，大家小心！”大雄喊道。
话音未落，一些巨大的金属臂从机械装置中伸了出来，朝着他们挥舞过来。
“快躲开！”静香惊叫道。
驾驶员们操控着EVA机体躲避金属臂的攻击，同时寻找反击的机会。
“我们得想办法破坏这些机械装置，不然我们会一直被攻击。”真嗣说道。
“我发现了，这些机械装置的核心动力源在那边。”哆啦A梦指着一个被层层防护包裹着的发光球体说道。
“那我们集中攻击那个动力源！”大雄喊道。
众人朝着动力源发动攻击，然而，防护层非常坚固，他们的攻击只能在防护层上留下一些浅浅的痕迹。
“这样不行，我们的攻击太分散了，得一起攻击一个点。”渚薰说道。
于是，驾驶员们调整攻击方向，集中火力攻击防护层的一个点。在连续的攻击下，防护层终于出现了一个小缺口。
“继续攻击，扩大缺口！”胖虎喊道。
经过大家的努力，缺口越来越大，动力源开始出现不稳定的迹象。
“再加把劲，它快不行了！”静香喊道。
最终，动力源在一阵耀眼的光芒中爆炸，周围的机械装置也随之停止了运转。
“呼，终于搞定了。”胖虎松了一口气。
“我们继续前进吧，应该离实验室不远了。”大雄说道。
他们继续沿着通道前进，不久后，前方出现了一道巨大的金属门，门上刻满了各种神秘的符号和图案，和之前他们见过的符号相似。
“这里应该就是实验室的入口了。”哆啦A梦说道。
“可是这门怎么打开呢？”静香看着巨大的金属门问道。
大家在门周围寻找开门的方法，这时，大雄发现门旁边有一个类似控制台的装置，上面有一些凹槽，凹槽的形状和他们在神秘身影那里发现的武器形状相似。
“你们看，这个会不会是开门的机关？”大雄说道。
“有可能，我们试试把那些武器放上去。”哆啦A梦回答道。
他们把之前缴获的神秘身影的武器插入凹槽，金属门发出一阵低沉的轰鸣声，缓缓打开。
门内是一个巨大的空间，里面摆满了各种先进的仪器和巨大的容器，和大雄在与EVA机体深度融合时看到的画面一模一样。
“我们终于找到了。”胖虎兴奋地说。
“这里就是一切的源头吗？”真嗣看着周围，满脸震惊。
此时，明日香看着周围的仪器，对绫波丽说：“哼，这些奇怪的东西，看起来就不是什么好东西，肯定是它们搞出了那些使徒。”
绫波丽微微点头：“嗯，我们得仔细找找线索。”
他们在实验室里四处查看，发现了一些实验记录和文件，文件中记载了一个可怕的计划。原来，使徒是这个实验室早期的实验产物，目的是为了创造出一种超越人类的新生命形式，但实验失控，使徒开始拥有了自己的意识，并对人类产生了威胁。而那些神秘身影则是实验室的守护者，他们试图阻止人类对使徒的研究，认为这是对自然秩序的破坏。
“这……这太可怕了，这个计划竟然引发了这么大的灾难。”静香颤抖着声音说道。
“我们得把这些文件带回去，让司令看看。”大雄说道。
就在他们准备收集文件的时候，实验室里突然响起了警报声，灯光开始闪烁。
“不好，我们触发了警报，可能有危险。”哆啦A梦说道。
突然，从实验室的深处涌出一群小型的机械怪物，这些怪物外形像蜘蛛，行动迅速，朝着他们扑了过来。
“大家小心，准备战斗！”胖虎喊道。
驾驶员们操控着EVA机体与机械怪物展开战斗。这些小怪物数量众多，它们爬满了EVA机体，试图用尖锐的爪子攻击机体的关节和要害部位。
“啊，这些家伙好烦人！”大雄一边用机体的武器攻击小怪物，一边喊道。
“我们得把它们甩开，集中火力消灭它们。”渚薰说道。
他们用EVA机体的能量护盾暂时震开小怪物，然后用武器进行扫射，大量的小怪物被消灭，但更多的小怪物还在不断涌来。
“这样下去不是办法，我们得找到控制它们的源头。”哆啦A梦说道。
经过一番搜索，他们发现小怪物是从实验室深处的一个控制台释放出来的。
“我们去破坏那个控制台！”大雄喊道。
他们朝着控制台冲过去，一路上边攻击小怪物边前进。当他们到达控制台时，发现控制台被一层强大的能量护盾保护着。
“又是护盾，真麻烦。”胖虎抱怨道。
“我们可以试试用之前破坏机械装置动力源的方法。”静香说道。
大家再次集中火力攻击能量护盾的一个点，在攻击的过程中，小怪物不断地干扰他们，但他们还是坚持了下来。
护盾的缺口逐渐扩大，最终，他们成功破坏了控制台，小怪物们也停止了攻击，纷纷倒下。
“终于解决了，我们赶紧收集文件离开这里吧。”大雄说道。
他们收集好文件，正准备离开实验室时，一个巨大的身影出现在他们面前。这个身影高达数十米，外形像是一个巨大的天使，全身散发着耀眼的光芒，背后有六对翅膀，翅膀扇动时带起阵阵狂风。
“这……这是什么？”胖虎惊讶地张大了嘴巴。
“难道是更强大的使徒？”静香颤抖地说。
“不管是什么，我们不能退缩。”大雄坚定地说道。
“你们不应该来到这里，你们已经扰乱了世界的平衡。”巨大的天使身影发出了低沉的声音，声音在实验室里回荡。
“是你们的实验才导致了这一切，我们是来阻止灾难的。”哆啦A梦反驳道。
这时，明日香喊道：“别跟它废话，直接上！”
绫波丽则冷静地说：“先观察一下，不要冲动。”
“无知的人类，你们无法理解我们的使命。”天使身影说道。
“我们不需要理解，我们只知道不能让使徒继续破坏世界。”真嗣喊道。
“那就来吧，接受审判吧。”天使身影说完，朝着他们发动了攻击。
它的攻击非常强大，一道光芒从它手中射出，光芒所到之处，地面被撕裂，仪器被摧毁。
“大家快躲开！”大雄喊道。
驾驶员们急忙操控EVA机体躲避攻击，同时寻找反击的机会。
“它太强大了，我们得想办法找到它的弱点。”渚薰说道。
“我发现它的翅膀上的光芒有些不稳定，那里可能是弱点。”哆啦A梦通过探测器观察后说道。
“那我们攻击它的翅膀！”大雄喊道。
众人朝着天使身影的翅膀发动攻击，然而，它的翅膀一挥，就释放出一股强大的能量波，将他们的攻击全部挡了回去。
“我们的攻击对它没有效果啊。”胖虎有些沮丧地说。
“不要放弃，我们再试试其他方法。”静香鼓励道。
在战斗中，大雄发现天使身影每次发动攻击后，胸口的一个水晶状物体就会闪烁一下，而且它似乎在刻意保护这个部位。
“你们看它的胸口，那个水晶可能是关键。”大雄说道。
“我们集中攻击它的胸口！”哆啦A梦说道。
他们调整攻击方向，朝着天使身影的胸口发动了猛烈的攻击。天使身影似乎有些慌乱，它用翅膀和光芒试图阻挡他们的攻击，但这次他们没有退缩，持续地攻击着。
在强大的攻击下，天使身影胸口的水晶出现了裂痕。
“它的弱点就是这个水晶，继续攻击！”大雄喊道。
随着攻击的继续，水晶的裂痕越来越大，天使身影的攻击也逐渐减弱。
“再加把劲，我们能打败它！”静香喊道。
最终，在大家齐心协力的攻击下，天使身影胸口的水晶破碎，它发出一声巨大的惨叫，庞大的身躯开始崩溃，光芒也逐渐消失。
“我们赢了！”胖虎高兴地欢呼起来。
“是啊，但我们还得赶紧离开这里，不知道还有没有其他危险。”哆啦A梦说道。
他们带着文件迅速离开了实验室，回到了NERV总部。这次的发现让总部陷入了震惊，碇司令立刻组织人员对文件进行分析和研究。
“我们终于找到了使徒的源头，但这也意味着我们面临着更大的挑战。”大雄说道。
“不管怎么样，我们都要保护世界，不能让这些灾难再次发生。”静香坚定地说。
在总部，大家开始为下一次可能的战斗做准备，而他们知道，这只是他们与未知命运战斗的一个新的起点，还有更多的谜团等待着他们去解开，更多的危险等待着他们去面对。
但他们已经不再是最初那些懵懂的战士，他们有了信念，有了力量，有了彼此，他们将为了守护世界而继续战斗。