顺治七年十一月，经过激烈的战斗，孔有德攻占了桂林城，抓了南明重臣张同敞及靖江王等人。
朱亨歅的靖江王府成了他的“定南王府”。
孔有德对俘虏们，一开始还算客气。后来，瞿式耜暗约焦琏攻城的密檄被其截获，他发现瞿式耜等人暗中联络反抗力量时，他的面具彻底撕裂，露出了狰狞的面孔。
“嘿嘿，你以为你们还有翻盘的机会？”孔有德冷笑着，“那就让你们看看我真正的手段！”
孔有德怒骂道：“张同敞，你竟然说我是投靠清廷的汉奸，说我以孔子后裔自称，简直是对孔子的侮辱。今天，我就要让你，为你的言论付出死的代价。”
张同敞笑骂道：“孔有德，你就是一大恶人，就像那煤蛋儿生来就黑，怎样洗也是个脏东西。“
孔有德愤怒的下令，斩杀南明重臣瞿式耜和张同敞。
孔有德站在刑场上，面目狰狞，眼神中透露出无尽的残忍。他冷漠地命令刽子手行刑。
刽子手们面无表情地走向瞿式耜和张同敞，手中的利刃闪烁着寒光。
瞿式耜和张同敞昂首挺胸，眼中没有丝毫畏惧，他们的眼神中充满了对汉人骨气的坚守和对敌人的蔑视。
刽子手们手起刀落，瞿式耜和张同敞的鲜血瞬间喷涌而出，染红了刑场的地面。
孔有德看着这一幕，脸上露出了满意的笑容。心中狂喜：“哈哈哈……叫你们敢指责我是汉奸！”
然而，他的残忍并没有就此结束。他又叫来亲信，将靖江王朱亨歆带到一间民房里。朱亨歆惊恐地看着孔有德，他不明白自己为什么会遭受这样的待遇。
孔有德恶狠狠地盯着朱亨歆，说：“你这个无用的废物，也配称王？我才配称王。”说完，他命令亲信将朱亨歆吊起来。
亲信们毫不留情地执行了孔有德的命令，朱亨歆的身体在空中摇晃着，他的脸上充满了痛苦和绝望。
孔有德站在一旁，欣赏着这残忍的一幕，心中充满了扭曲的快感。他觉得，终于让那些敢于骂他是汉奸的重要人物，都付出了代价。
然而，就在孔有德以为自己已经稳操胜券时，南明西宁王李定国反攻了。李定国率领明军直扑桂林城下，孔有德的噩梦开始了。
在兴安县严关处，孔有德输给了明军的大象阵。狼狈逃回桂林的他被李定国重重包围。
城破之时，孔有德深感大势已去。他先是命令妻妾们上吊自杀（有的记载说他亲手杀死她们），然后放火焚烧王府。在火光中，他拔剑自尽于王府。
孔有德死前对他儿子说了“苟得免，度为沙弥。勿效乃父作贼一生，下场有今日耳。”?
（这句话的含义是，告诫之意尽显其中：“倘若爱子能够逃过此劫，切记应剃度为僧，远离尘世纷扰。勿步父辈贼盗之路，以免重蹈今日之覆辙。”）
他的死并没有为他的罪恶画上句号。他的儿子孔庭训成了俘虏，六年后被处死。
只有他的女儿孔四贞逃出广西，到了北京城。她的命运开始好转：孝庄太后将她收为养女封为和硕格格成了清朝唯一的汉族公主。
至此，明末首恶孔有德的历史，已被朱少龙穿越而成的朱由校，仔仔细细地梳理了一遍。
他骂道：“我去，我既然穿越过来了，就绝对不会放过孔有德这种恶人！一定要将他千刀万剐，凌迟处死，方能一解民恨！”