处理完雪拉比事件后，小智等人重新踏上旅程。
在抵达浅红市外围的某处小森林时，他们遇到了一所忍者学院。
在好奇心的驱使下，一行人在这个忍者学院内上了一天的体验课。
体验课期间，小刚在收服了一只新的神奇宝贝——爱哭树。
这只爱哭树名副其实，是一只很喜欢施展假哭招式骗人的小家伙。
离开忍者学院后，小智等人花费大半天时间，抵达了浅红市的神奇宝贝中心。
“小智，你送回来的神奇宝贝球，我都收到了，另外小智你要的吞食兽、顿甲、电击兽，我传过去了，你注意查收！”
一到神奇宝贝中心，小智就将部分神奇宝贝传回研究所，最主要传回去的还得是新收服的雷公。
至于索要传说过来的三只神奇宝贝，是小智打算挑战下一个对战设施需要用到的精灵。
也就在小智进行精灵交换之际，小遥的杰尼龟不知为何跑出神奇宝贝中心，朝着不远处已经荒废的火车站跑去。
等小遥反应过来之时，杰尼龟已经跑出老远了，她匆忙将伊布精灵蛋交给小刚照料，随后追了上去。
小智抬头看了一眼乌云密布的天空，又扫了一眼神奇宝贝中心之外的环境。
熟悉的场景，让小智回想起一段特殊的剧情。
那是一段穿越时间改变历史走向的剧情，改变剧情的主角是小遥、杰尼龟、喵喵。
想到穿越时间，小智不由想起雪拉比，于是在挂断电话后，他将波导之力尽数散发出去，探寻帮助小遥穿越时间的神奇宝贝到底是什么。
强大的波导笼罩下，很快，他就有了新发现。
火车站正门矗立的巨大松树，确实有雪拉比的波导反应，只是这个反应很微弱，应该的雪拉比曾在这棵松树停留过。
同时还有火车站内还有一股很特殊的波导反应，他能肯定那就是雪拉比穿越时间的特殊波动。
确定了没有危险，小智也就没有干预小遥的时间穿梭之旅的想法。
………
废弃火车站内。
小遥在一个老妇人怀中找到，偷偷溜走的杰尼龟。
“原来这只杰尼龟是你的啊！”老妇人和蔼淡笑道。
小遥点点头，“是的，它突然乱跑出来，给您带来麻烦，真的很抱歉！”
老妇人宠溺地看了杰尼龟一眼，“没关系，这孩子它很可爱，况且神奇宝贝活活泼泼的才是最健康的，不是吗？对了，你叫什么名字啊？”
“我叫小遥，老人家请问您是……”
“是吗，还真是个好名字，小遥你叫我阿国嫂就行了。”
阿国嫂刚做完自我介绍，天空就下起小雨。
“哎呦，今天的天气也并不怎么好，趁着雨势并不大，小遥，你先回去吧！”
“嗯，不过阿国嫂你在这里做什么呢？”小遥疑惑地询问道。
“我在等从其他城市开来的火车，这里曾经是这条车道的终点站，火车会穿过这个隧道开过来……”阿国嫂缅怀道。
小遥看着破旧损坏的轨道，低声道：“可是这个车站……”
“那个人会回来的……”
阿国嫂的眼眸中露出一抹希冀。
“奶奶，你怎么又跑到这里了？”
这时，一位小女孩抱着雨伞跑了过来。
“哦，是久美子啊！这位是小遥，我们刚刚认识的。”阿国嫂介绍道。
“你好！”
小遥和久美子相互问好后，阿国嫂带着失望从久美子手里接过雨伞，径直离开车站。
小遥从阿国嫂坐着的椅子上，发现了阿国嫂遗留的一张黑白合照。
“这是……”
久美子将合照接过，“这是奶奶和爷爷的合照……”
小遥从久美子口中得知，照片上是阿国嫂和他的丈夫阿勇的合照。
曾经，阿勇在附近的小镇从事神奇宝贝抚养家工作，主要是承接神奇宝贝蛋的孵化照料工作，而阿国嫂则是阿勇的助手。
两人在一起的日子还算美满，但有一天阿勇提出要去更大的城市进修更完善的护理知识，而阿国嫂得知这件事后，因为自己从出生到长大都在这城镇生活，她并不愿意离开这里。
只是阿勇最后留下一封书信后，一个人乘上列车离开了这个城市。
而阿勇离开的那天，也是一个下雨天，阿勇在火车离开前还期盼着阿国嫂能来为他送行，但雨天之下怀孕的阿国嫂紧赶慢赶还是没来得及。
在阿勇离开后，阿国嫂便天天来车站等候阿勇的归来，但等了一年后人没等到，却迎来了阿勇的死讯，因为一场意外阿勇走了，只不过阿国嫂却认为其没有死，总有一天会再次乘坐火车回来找她。
听完整件事的来龙去脉，小遥感动的泪流满面，就连在一旁偷听的喵喵也被感动到了。
在久美子离开后，小遥抱着的杰尼龟再次挣脱怀抱，跑到火车轨道上，从某处扒拉出一条金项链。
“这是照片上阿国嫂佩戴的项链？”
小遥拿过金项链，翻开上面的吊坠盖子，果不其然上面存放的，确实是阿勇的照片。
“小丫头，你手上的那个项链……”
喵喵也好奇地跑了过来。
但下一秒，吊坠上散发出一道耀眼的金色光芒，光芒裹挟着小遥、杰尼龟、喵喵带入时间通道。
光芒散去，小遥他们还没了解清楚情况，身后便传来一阵响亮的火车汽笛声。
站台上，一位车站工作人员看到小遥的身影，赶忙喊道：“喂，你们快点上来！”
小遥慌忙抱起杰尼龟和喵喵一起飞速爬上站台，他们前脚刚爬上去，后脚就有一辆火车开了过来。
正当小遥他们仨都感到疑惑之际，火车站的工作人员便上前将他们强制带离车站了。
来到车站门口，小遥他们看着车站外人来人往的景象，内心的疑惑更甚了。
“这到底是怎么一回事，喵？”喵喵好奇地扫视着周围。
“啊！那棵树是……”小遥看着门口松树的高度，心头涌现一个不妙的想法。
“搞不好，我们穿越时间回到过去了……”
“什么，时光旅行？！这种能力不是只有雪拉比才拥有的吗？”
喵喵能想到可以穿梭时间的神奇宝贝，只有森林守护神雪拉比，毕竟那是他们曾经亲眼见识过的能力。
“可是，这里确实像是过去的……”
就在小遥和喵喵争论之际，一道令他们感到很熟悉的身影从他们身边走过。