崇祯十七年六月中旬、锦衣卫报来了最新的情报，闯军在兵败宣化后，李自成带着主力退到太原休整。大同交给了姜襄继续掌管，陈奇瑜在纷阳重设山西总督府，他对朝廷的态度并不明朗。川陕总督孙传庭、重占洛阳，暂时没有宣布效忠新皇，沿用崇祯年号。南方两广、福建、浙江、江西、湖广等省已经确定宣布效忠南京，改用弘光年号。
东林那边的人也是没创意，南京太子登基时，他们用了真实历史上福王称帝时用过的年号，看来年号这块似乎早有准备的样子。
李自成休整一段时间后，会向什么地方用兵，现在已经不好判断了。天下的形势大变，朱由检根本没法用记忆中的历史走向来判断。按道理来说，宣化一战的惨败，会让李自成长点记性，不敢随意北伐、可这家伙说不准会记吃不记打、执意北上和自己死磕。
因此趁着这段平静期，将军事准备做好是必须要进行的工作。与中枢政体暂时不大动不同，军事这块、朱由检的想法是要从上到下彻底变了。
“诸位将军、还有内阁、御马监、兵部、太仆寺、锦衣卫的主要负责人都在，朕现在说说此次军改的主要方略。大明以后的最高军事决策机构为军令堂、军令堂大印由朕直接掌管，平常军令由中军都督府签发、报朕审定。五军都督府官衙保留、但职能将进行大变。中军都督府又称军令部负责全军指挥、调遣、战令签发事务。后军都督府又称总后勤部负责掌管全军钱粮、军需辎重等后勤事务。前军都督府又称总参谋部、负责军略的赞画和谋略议定。右军都督府又称总装备部、负责全军军械的生产、研制和配发工作！左军都督府又称总监军部、负责监督军令、军纪实施、并审定战功、核议军官人事工作。”这个架构基本上是仿照了后世的四总部制度，只不过多了个军令部而已。
喝了口茶、朱由检继续开口道：“中军都督府基本上和军令堂是一套班子、两种称谓，设中军都督一名、兼军令堂执事，副都督七名、兼军令堂执赞、由其它四军都督和兵部尚书、太仆寺卿、京城卫戍区指挥使兼任，副都督之下再设一些差遣职位即可。军令堂和中军都督府的区别在于、内阁首辅将再兼一个军令堂执事名额。军令堂为两执事、七执赞的配置、所有军机要事军令堂所有成员合议、报朕用印签发。有成规的常规军略则中军都督府合议、中军都督签发、报朕审议、内阁备案留底即可。”
听到此处、兵部尚书陈新甲差点就急了！这么一搞、兵部的军权尽失啊。他实在想不到，还能有什么军权是兵部能干的。
“御马监涉及到军权的事务全部移交到五军都督府，不再涉军！兵部以后负责的军务主要有以下几处、一、全军的征兵、招募工作由兵部及下设到省、府、县的兵部机构负责！二、将校堂生员的招募和教学由兵部负责。三、国朝的防务、防区规划和建设由兵部负责。四、军费的总体预算由后军都督府粗算之后，报兵部核审然后廷议。此项工作暂时没有展开条件、以后再议。太仆寺将直接涉军的事务移交给军令堂，以后专管涉及民务的军产，算是半个军事机构。除太仆寺和兵部外，其它军事机构一律不得参与民事，特别是经商事务绝对不能涉及。军队就是保家卫国、打仗用的！经费的事、朕和朝廷来想办法！”
将军令中枢的改制大略讲完后，朱由检又说了这块的人士安排。中军都督自然是黄得功、后军都督暂定是陈新甲兼着、左军都督是兵部的张国维兼着、前军都督为张凤翔兼着，右军都督是御马监的王之心兼着。另外马科、白广恩、唐通三人出任前军副都督，秦良玉兼任左军副都督，宋应星兼任右军副都督，王德化和太仆寺卿兼任后军副都督。等改制完成后，再确定最终人选，最终包括兵部在内所有军事部门的人员将全部转为武职军官体系，无论之前他们是文官还是太监。
“暂定、大明的战兵编为八个主战师，另设四个独立旅！其中四个主战师合编为两个整编军、整编军由两个师、加一个军属骑兵团、一个炮兵团、两个辎重团、一个军属医院、以及一些其它杂务人员共计三万人组成！除主战师、军外，再编一个骑兵突击旅、一个重炮旅、两个车厢机动旅作为战事支援力量。这是战兵体系、另外暂编八个保安旅、分驻在北直隶的主要府县，负责地方防务、保安旅遇到突发和紧急情况可归驻地总督、知府临时节制指挥。旅以上军事单位、前、后、左、右、四军都督府需派相应人员协助军事主官处理日常事务、由他们的正职和正副军事主官共同组成该军事单位的指挥部，平时军令由指挥部合议决定，战时则军事主官可独断专行！军事主官不能理事时，副军事主官顺位递补、副军事主官不能理事时由负责前军军务的参谋长接任。”
八个主战师、再加四个旅、以及两个军部、战兵总数将在十三四万的样子，再加上京城的卫戍部队和保安旅，总兵力在十七八万，目前来说、财政收支最多只能撑起这么多常备军队了。大致算了一下，只要整编到位，靠这么多兵应该够应付目前的局势。眼下的敌人、除了李自成外，其它势力还都没有这么多兵马可用。李自成那边虽然人数多，但真正顶用的也没这么多，所以兵力来说暂时够用。
朱由检的设想是两个整编军，其中一个由一个骑兵师和一个骡马化步兵师组成，算是超级机动兵力，另外一个军则是常规武装。四个独立的主战师，分驻到保定、宣化、密云、和山海关，四个独立旅在重大战事时当支援力量来用。保安旅平时负责属地安保事务，战时要转为后勤保障力量来用。京城这块、秦良玉的白杆兵和之前锦衣卫的大汉军将负责宫城卫戍、仪仗，以及京城的日常防务。战时若是京城临兵，肯定要调其它战兵进城协防。至于城里的日常治安，就需要衙门来建立治安队伍来解决了。