“我是绝对不会抛弃皮卡丘的。”小智道。
“这谁又知道呢？”路卡利欧道。
“历代相传为勇者的人，会这么简单地就将自己的宝可梦抛弃吗？”小智道。
路卡利欧没有回答，只是默默地走开了。
晚上，众人在车上睡觉，路卡利欧独自靠在一块大石头旁边睡觉。
第二天，众人继续赶路。
跑着跑着，路卡利欧突然停了下来。
众人也下车，上前询问。
“路卡利欧，怎么了吗？”琪朵问道。
“这里是我之前被封印的地方。”路卡利欧道。
说着，路卡利欧在地上发现了一朵时间之花，路卡利欧忍不住伸出手去触摸。
而感受到路卡利欧身上的波导，时间之花将路卡利欧被封印时的画面展现在众人面前。
在亚朗丢出勇者之杖将路卡利欧封印之后，就骑在比雕身上飞走了，而这个地方也爆发了大规模的战争，四面八方都有宝可梦冲了过来，互相厮杀。
路卡利欧被刺激得不断地向四周反射波导弹，小智急忙阻止，喊道，
“住手啊，路卡利欧，这只是幻象。”
路卡利欧这才清醒了过来，急忙收手。
而与此同时，时间之花展现出来的画面也消失了。
“好可怕啊。”小遥道。
“这里就是当年的战场，路卡利欧说的是真的。”小刚道。
“看来传说有点错误呢。”琪朵道。
“但是亚朗应该不是坏人吧。”小遥道。
“有没有一种可能，亚朗之所以会封印路卡利欧，是因为不想让路卡利欧卷入危险之中。”小智道。
作为知道剧情的人，小智不想让其他人误会亚朗。
这时，路卡利欧突然变得警觉了起来，急忙跑到众人身边，让众人躲开。
正当众人不解其意的时候，一只雷吉洛克从地底下钻了出来，还好众人及时躲开。
但是雷吉洛克却举起了越野车，把越野车扔到了一旁，然后使出破坏光线攻击众人。
路卡利欧急忙使出波导弹，那强大的威力，不仅盖过了破坏光线，还顶着破坏光线压过去命中了雷吉洛克，效果拔群。
众人趁机逃离，而雷吉洛克也再次钻入地底上，跟了上去。
路卡利欧带着众人跑进了森林里面，通过波导来探知没有危险的正确的道路。
小智知道，这只雷吉洛克之所以会攻击他们，是因为它是世界初始之树的守护者之一，它的职责就是消灭和驱赶进入世界初始之树的入侵者。
在路卡利欧的带领下，众人进入了世界初始之树的内部，这里面的景观非常漂亮，湖水清澈见底，树木和花朵蓬勃生长，蜻蜻蜓，青绵鸟，七夕青鸟，安瓢虫尼多兰，尼多朗，走路草，拉达，穿山鼠等宝可梦在这里生活得非常幸福。
这里还有很多像菊石兽，多刺菊石兽，触手百合，摇篮百合，化石翼龙，太古盔甲等等这种化石宝可梦。
世界初始之树，由如同树一般模样的岩层所组成，是一个依靠光线补给能量的水晶生命体，与住在世界初始之树里的这只梦幻有着共生关系，被认为是大多数化石宝可梦的起源地。
“这里应该就是世界初始之树的正下方了。”琪朵用她那高科技眼镜分析过后，说道。
“那皮卡丘呢？”
“就在上面。”路卡利欧道。
“那我们赶快走吧。”
众人立马往上赶去。
而琪朵则是先留下，拿出了几十只会飞行的微型机器人，然后又联络了班克斯。
“班克斯，有工作了，快起来。”
“我已经就绪了，大小姐。”
“你快看，这就是世界初始之树的内部，数千年，哦不，应该是数万年没有受到外部的干涉，世界初始之树一直保护着这里的宝可梦们。”
“恭喜你的新发现。”
“要恭贺的话，就留到所有谜题都解开了之后吧。”
“好的。”
“数据分析就拜托你了。”
“遵命。”
“这座岩石山是活着的，自然所创造的矿物生命体，世界初始之树吸收光能，存活了数万年。”
“嗯，不过谜题并没有解开，那就是梦幻跟世界初始之树到底有什么联系。”琪朵道。
结束了通话，琪朵放走了这些微型机器人进行调查，
“路卡利欧，使出波导弹。”
小智自己的路卡利欧，亚朗的路卡利欧，还有小智自己，三发波导弹瞬间便被发射了出去，击毁了琪朵放出去的所有微型机器人。
小智表示，还好我发现琪朵没跟上来，折回来看了一下，要不然险些被这个琪朵酿成大祸。
要知道，在原动画中，就是因为这个琪朵放出了这些微型机器人来收集世界初始之树内部的资料，触发了世界初始之树的免疫系统，导致小智一行人被世界初始之树视作细菌，最后，小智一行人被世界初始之树的防卫系统吞噬，为了救小智一行人，梦幻用尽了力量，把小智一行人救了出来，而梦幻却因此而用尽了力量，而梦幻又与世界初始之树是共生关系，导致世界初始之树马上就要灭亡了，不得已，亚朗的路卡利欧才牺牲了它自己，拯救了这个世界。
也就是说，原动画中，因为琪朵放出了这些微型机器人，才害死了路卡利欧。
“小智，你这是什么意思？”
琪朵反而还有些生气。
“琪朵小姐，我知道你是一位了不起的探险家，也有很丰富的探险经验，
但是，你觉得，世界初始之树这里，是一个可以任由你胡来的地方吗？
你知不知道，你这个不经意间的行为，是会造成世界初始之树毁灭的。”小智道。
“没错，世界初始之树是非常脆弱的。”路卡利欧道。
见状，琪朵也只好悻悻地放弃她那想要搜集这里的资料的想法。
小智一边跑着，一边呼唤着皮卡丘，但是皮卡丘没等来，等来的却是雷吉洛克，雷吉斯奇鲁，雷吉艾斯这三神柱的拦路。
小智丝毫不慌，你们这三个家伙都弱格斗，种族值分配得还不好，就算你们是二级神，那又如何，而且还不是你们各自家族里最强的一个。