实际上，在周显宣布官员、将领可以自行选择是否随朱慈烺离开之前，他就预料到了眼前的这种情况。
藩王方面，鲁王、德王、衡王尽皆选择离开，其他大小郡王基本上都如此选择。
从京师逃出来的，文官以李建泰为首，武将以白翥为首，还有逃出来的官员，禁军，士卒大部分也选择南去。
还有从国子监和翰林院的一些学子和候补官员，大部分也选择去往南京。例如方以智，他感念崇祯帝的知遇之恩，辞别周显，前往南京。但侯方域和张家玉二人选择留在了山东，为周显效力。
在山东的，山东巡抚高名衡在京师失陷后完全绝望。他以年老多病为由，请求去职归乡，不再为任何人效力。
登莱巡抚曾化龙本来和周显相交甚密，在他担任登莱巡抚期间给了周显很大的支持，但此次他却选择了朱慈烺。他给周显留了一封信后，从莱阳出发，直接向南而去。随他一起的，还有登莱地区的十数个州官和县官。
济南知府王章听闻京师陷落之后，想要自杀殉国，但被手下人拦住。听闻太子未死，他第一时间去见了朱慈烺，最后当然选择随之南去。而青州知府吴甘来的情况也与之大致相当，直接去职南去。
夏允彝心中犹豫，周显亲自前去劝说，最终他留了下来。阎应元没有表态，继续留在了大名府。
军中情况尚好，但有两个高阶将领选择了离开。
其中一个是杨御蕃，他曾任总兵，逼不得已投降了李定国。后来又暗通周显，给刘文秀所率的隆武军带来了不小的麻烦。他本想说服杨衍与他一起离开，但杨衍没有答应。最后，他回到临沂，利用自己杨家在当地的名声招募了近千人，带着他们去了南京。
还有一个是谈震彩。他曾背叛过周显，虽然最后因为局势有变而被重新启用，但一直没有给予他重用。他看到了这个可能飞黄腾达的机会，便再次做出了脱离周显的选择。他领着自己从墨县带来的三千余部众离开驻地临沂南下。
谈时迈听闻之后，骑马去追，但谈震彩拒绝回来。谈时迈带着数百不愿南去的兵卒回来，向周显请罪。周显倒没有怪他，只是挺为他摊上谈震彩这个父亲感觉不值的。
其他的，还有一些不得志或者感觉自己遭受了不公的底层将领，他们的离开也带走了一些他们手下的士卒。人数不多，但合起来也有三千多人。
白翥从保定逃出，本身就带出来了近四千士卒。会和逃出来的禁军和后来到达的，朱慈烺拥有了一支万余人的大军。而且最重要的是，他带去的那些文臣也很多，足以依靠他们组成一个小朝廷。
在永乐帝朱棣迁都北京之后，在南京一直保留有一套完整的官制。例如六部尚书，在北京有一套，在南京也有一套。只不过在北京的掌握实权，而在南京只是挂着虚职。但此刻情况不同了，北京的除了极少数逃脱外，大部分都陷在了京师，而南京的那些虚职就直接变成了实职。
若是朱慈烺孤身前往，难免陷入南方众官的控制之中。但此刻他会和从京师逃出来的，再加上从山东去的这一大批人，至少可以拥有一定的自主权，这也是朱慈烺的机会。他现在有万余军队，如果他能很好的协调两方官员的利益，却有可能保住现有大明的半壁江山。这也是周显最初让他们自行选择的目的。
但周显这边的情况就没那么好了，军力上变化不大，主要在人心的动荡上。还有就是山东巡抚去职，登莱巡抚离开。两个巡抚全部空置。山东六府知府直接去了两个，县官、州官二十几个。
如此多的官员离开，直接使山东的统治体系陷入了混乱。
这里面固然有一些人心向大明，认为朱慈烺为大明正统，出于对明的忠义离开。但更多的人则是因为山东直面闯军，随时可能陷入新一轮战事中。他们去南京，至少心理上感觉会更安全一些。
万元吉、顾炎武、黄宗羲等人就此事找过周显几次，让他下令禁止官员离开，但周显对之完全置之不理。只是下令让他们举荐俊才，用来取代因他们离开而空出来的官职。在这种情况下，一批新的官员迅速补充了上去。
万元吉被周显提升为山东巡抚，文志通被任命为登莱巡抚。陈子龙被他从舟山调回来担任济南知府，张旗被提拔为莱州知府。萧冷、韩畅两人都被下放到济南周边暂代县令，侯方域被他暂时留在了身边。
对于张家玉，周显本想任命他为泰安知州，但他向周显提出想出外领军。周显想了想，同意了，让他前往淮安担任刘孔和的副手。
顾炎武、黄宗羲、于成龙、陈名夏四人一起制定出了一套提拔官员的规则。周显、万元吉、夏允彝、顾咸正等人参与讨论。虽然方案还未最终确定，但所有人的意思都是完全按照功绩来确定官员的提拔与否。
这个功绩可以是财政余额，可以是安民多少，可以是刑案减少了多少，可以是开办了多少个新的学院。优秀者提拔，差劣者罢黜，中间者留用，以待后效。通过这样的办法，三年一考核，以尽可能的淘汰庸吏。
而黄宗羲就财政方面提出了一个方案，从巡抚衙门单独辟出一个财政部，直接接管从省到府，由府到县的财政。所得的赋税按照总数进行七三分，上层占七，下层占三，而各下层衙门可以对那三进行自由支配。以增加地方的自主性，也加强了巡抚衙门对财政整体的把握。
考虑到朱元璋定的官员薪俸太低，很多清官靠薪俸无法过活的问题。黄宗羲提出直接将所有官员的薪俸翻倍，但取消了地方的供银，以消除贪腐。
而对于贪污这样的事情，在刑责方面变轻，要求变轻。但就一些特别的贪腐，则加重。如贪墨军饷，贪墨救济粮，或因贪墨造成严重的影响，这些直接斩首之刑。