白翥等稳定了济宁城中的局面，立即让吴元吉率五千士卒挥兵北上，增援济南。梅应元虽然在得到李岩的指令的第一时间便率部向临清方向撤退，但散落在鲁西和鲁北的其他闯军却不能立即集结。被官军挡住归路，大部被剿灭。
李岩在失去济宁之后，也有点心灰意冷。他知道依照山东目前的局面，在得不到开封那边支援的情况下绝难击败周显。与其空耗兵力，还不如好好经营已经占据的城池。
他将自己手下的军队分为三部分。其中一部近两万人，由梅应元统领，驻扎于临清。一部大约三万之众，由李岩亲自统领，分兵驻扎在定陶、巨野两个点，形成了一个掎角之势，共同防备着济宁城的官军。最后一部，万余人，是李化鲸的残余人马。李岩让他率部前去南阳增援，彻底将这个不安分的因子排除到山东之外。
闯军在山东的兵力虽然多于官军，但战力却远远不如周显手下的那些兵卒。李岩自觉在练兵上不如周显，占据的地域也比不上周显，长久对峙下去，官军在山东的优势必然会越来越大。这也是他最初想要配合李定国完压制周显的原因。但事与愿违，以目前的情况，想要在短时间内击败周显已无可能。
但好在周显只有他那数万士卒，而李岩身后还有数十万闯军。只要南阳那边能够取胜，这边的战事便显得有点无关紧要了。李岩之前和李定国分化山东，也不过想拖延一下周显扩张的时间。现在从长计议，也未必是坏事。
在想清楚了这些之后，李岩便决定采取守势。他稳固已经占据的地方，将兵力收缩进几个主要的城池，并积极练兵。而且在明知自军还处于劣势的情况下，除了派出李化鲸率部前去南阳外，还从军中挑出最精锐的五千士卒前去增援。除此之外，他还从缴获的粮草辎重中挑出一大部分运去前线。虽在兖州，但李岩的目光早已放到了前线。山东这边最多是小打小闹，而南阳那边则决定今后天下的走势。
在官军在济宁与闯军交战的同时，在鲁北的李定国，在得到周显回兵济南的消息后，也立即从各地抽调出近两万士卒再次出兵临沂。在这个过程中，李定国所率的隆武军虽然攻破了鲁南重镇莒城，斩杀了两千余官军，但在临沂城下被谈震彩挡了下来。只不过这一次因为官军早已把大部百姓向北迁移，他们损失颇大，但所获却不多。
反而是艾能奇打着隆武皇帝的旗号出兵西向后，除了个别城池，淮南各地基本上是望风而降。他接连拿下凤阳、寿州、霍丘、颍州等地，然后南下进逼合肥。而和以前各地乡绅对他们这些流贼极其敌视不同的是，一些乡绅在他们逼近之时竟然主动来投，拿出粮饷犒赏他们，甚至征集乡勇帮助他们稳定局面。
孙可望得知这种消息之后，也借着隆武的名义授予这些人各种官职。一些平时失意却十分有能力的学子，或者有钱财却地位低贱的乡绅富户纷纷来投，使隆武新朝迅速壮大，而孙可望也迅速扩张了手中的势力。
但摊子一时铺的太大，发展太快，兵力不足的问题也显现了出来。看着李定国与周显交战多次，而所得不多，孙可望便有意让李定国停止与周显纠缠，抽调兵力前往淮南。
但李定国显然不认同这点，他觉得徐州地势平坦，易攻难守。如若不重视周显，等其实力增强之后，必然与江南的官军南北夹击。胜时或无问题，但一旦战败，后果将不堪设想。隆武朝新起，首先考虑的应是稳固四边，以立于不败之地，而不是急剧扩张。但在孙可望的不断来信下，李定国最后还是退让了。他把自己手下的万余精兵交给白文选，让他领着他们前去淮南，只留下了一些弱卒和所有的骑卒。
李定国手下骑卒虽强，但靠他的这点兵力，也难以在鲁南再有什么大的成就。李定国撤兵回郯城，临沂这边的战事也暂时告歇。
随着隆武军进军淮南，在镇江前线的十几万官军也陷入了分裂。兵部尚书史可法在得到崇祯帝的旨意后，坚持进军扬州，此举得到了朱大典、郑鸿逵等将领的支持。但马士英、刘良佐却不愿出兵进攻防守严密的扬州城。他们借着隆武军肆虐淮南的由头，在史可法不知情的情况下就率部沿江西上，进军安庆，只为保存实力。而方安国、牟文绶等将也各有心思，甚至还有人私下与隆武新朝联系。
马士英、刘良佐的离开将官军的矛盾赤裸裸的暴露在众士卒眼前，内部不稳，军心士气极其低落。但这种情况下，史可法最终还是决议出兵。他派人联系在江北的陈子龙，驻扎在崇明岛的韩括，让他们配合进攻。还派人到山东通知周显，约定日期，让他从北出兵，两相夹击隆武军。
这一切计划的都很好，但实施的过程却惨不忍睹。还未开战，他们何时进军便已被被刘文秀所知。史可法虽然忠心任事，却不通军事，更不知如何协调诸军。近十万大军就像饺子一般被赶下江，蜂拥而上强攻扬州。刘文秀用装满稻草的小船，引燃后冲向官军船队，烧了正在进攻的官军的后路。
官军因此大乱，刘文秀线出击，官军大败。数万士卒战死或者淹死，仅游击将军以上战死者就有十几位。要不是隆武军缺少船只，或许就可以直接拿下镇江，兵临南京了。
后不久，总兵方国安暗地归降隆武帝，引刘文秀进攻镇江。幸而朱大典及时调兵平叛，击败方国安，才守住了城池。
方国安逃去扬州，隆武帝正担心孙可望势大，难以控制。看到方国安来投，心中大喜，立即任命他为左都督。此举虽引得孙可望的不满，但他也不想和隆武帝闹翻，等于默认了他对方国安的招揽。